Daugavas muzeju nodibināja 1969. gadā, bet tā ekspozīcija apmeklētājiem tika atvērta 1977. gadā. Muzeja izveides ideja radās sakarā ar Rīgas HES celtniecību 1966.-1976. gadā, kad appludināšanai paredzētajā Daugavas ielejas daļā notika intensīvi arheoloģiski izrakumi, kuru laikā tika atklātas unikālas vēstures liecības par šā reģiona apdzīvotību kopš vēlā paleolīta (9. gadu tūkstotis p. m. ē.). Muzeja uzdevums bija krāt un saglabāt liecības par reģiona unikālo arheoloģisko, vēsturisko un etnogrāfisko raksturu. Līdz 1993. gadam muzeja nosaukums bija Doles Vēstures muzejs. Sākotnēji muzejs bija pakļauts Turaidas muzejrezervātam, bet kopš 1996. gada tas ir Salaspils pašvaldības administratīvajā pakļautībā. Muzeja savāktās kolekcijas aptver vairāk nekā 51 tūkstoti vienību, kas stāsta par Daugavas un tai pieguļošo teritoriju vēsturi no vissenākajiem laikiem līdz mūsu dienām.
